themeをいじっていたのですが、若干はまりました。
<h2><span class="date"> ... </span> <span class="title"> ... </h2>
</span> <span の間に空白が入っているためIEだと微妙に表示位置が下に行ってしまいます。
空白が入っている理由ってあるのでしょうか。
skel/diary.rhtmlの3行目に入っている空白を取り除いて、cacheを削除することで 対応できることは分かりました。