慣れている設定をいじるときはいいんですけど、これできるのかな？なんて よく分からないものは普段目にしていないため見つけづらいです。
ヘルプ嫁と言われるまで読まない困った人なので。ヘルプがなければどうしようもないのですが。
分かりやすい設定は人によって違うのでしょうけど、個人的には Eclipse や Sleipnir のように左側がツリーコントロールによりグルーピングがされ、右側に設定画面が表示されるのがいいのかなと思ってます。
ただ Eclipse の設定によってはツリーの階層が深い場合があるのですが、これはあまり好きではありません。
あまりに設定の種類がある場合には、設定部分にタグづけを行ってツリー検索、フィルター を行えるとさらにいいのかな。 あとツールチップやスペースに設定の意味も書いてあげると なお親切。でもやりすぎるときっとうざがられる。
一気に全部設定を変えることはないから（インポートは別）、 そういったことを画面に含められるとよいのかも。なんだか心理学？
あとダイアログ系の画面は Esc キーでキャンセルが効かないとダメージがでかいです。
WEB ではページごとに反映させて細かく行ったほうが多分安心。 誤ってページ更新したり、サーバから応答がなくなったりする可能性があるから。
このへんの設定は作者の思想・性格がでやすいところだなと思う今日このごろ。
優れた UI を作ることは難しい。