本家 Putty では右 Alt キーが効かない。
http://yebisuya.dip.jp/Software/PuTTY/
右 Alt を有効にするパッチを当ててくれているんですね。
[端末]-[キーボード]-[右Altを右Altのまま使う]にチェック。
ありがたく使わせてもらいます。
以下自爆。
変えた後に putty 上の Emacs の挙動がおかしい。 というか Ctrl キーからのコマンドを受け付けていない。
。。。
XKeymacs の対象プロセス名が変わっていることに気づきました。
putty.exe が XKeymacs の対象になってしまっただけなので、 あらためてプロパティから無効にし動作も正常になりました。