ファイルのドラッグアンドドロップや、グリモンのエディタに Emacs.app を指定していた場合、編集しようとすると新たにウィンドウが出てしまいます。
以下の設定をつけてあげることで、開いているウィンドウの新規バッファに開くことができました。
(setq ns-pop-up-frames nil)